Osmanlı ve Safevi İmparatorluklarının sahip oldukları topraklarda güç kazanmasının ardından, Kürtler ve vatanları bu iki güçlü devlet arasındaki mücadelenin odak noktası haline geldi. Kuzey Kürdistan’ın büyük bölümünü Türkmen hanedanlarından zorla almayı başaran Safeviler, elde ettikleri yerleri kısa bir süre sonra Osmanlı hanedanlığına bırakmaya mecbur kaldı. 1514′te iki kuvvetin karşı karşıya geldiği Çaldıran Savaşı Kürt tarihi açısından önemli bir nokta oluşturdu. Osmanlılar, Safevilerin yükselen gücünü kontrol altına almayı başardıysa da hiçbir zaman tamamen bitirememişti. Bu savaştaki yenilgiyle Safeviler, Kürdistan’ın ellerinde kalan bölümünün önemli bir kısmını da kaybettiler. Osmanlılar ile İranlılar arasındaki savaş zaman zaman kesilse de üç yüzyıl boyunca sürdü. Sonuçta Kürtler bu çekişmenin bedelini fazlasıyla ödedi. Sadece anavatanları mahvolmakla kalmadı, iki güce de zorunlu askerlik yapmak durumunda kaldılar.
Çaldıran Savaşı’ndan sonra Sultan Selim’in Kürtlere karşı takındığı tavır, İran Şahı İsmail’inkiyle taban tabana zıttı. Şah İsmail, sadakatini göstermeye gelen 11 Kürt aşiret reisini hapsettirmiş ve sonra da Kürt bölgelerine Azerbaycan Türklerini yönetici olarak atamıştı. Yavuz Sultan Selim ise Kürtler konusunda daha cömert davranarak onları kazanmak istedi. Kürtlerin örgütlenmesini ve beylikler halinde Osmanlı emperyal sistemine katılmasına razı oldu. Bunun için de başdanışmanı ve Kürt devlet adamı İdrisê Bitlisi’yi geniş yetkiler tanıyarak görevlendirdi. Kürt beylikleri Kürdistan Eyaleti adı altında tanındı. Dönem dönem bu eyaletin sınırlarında ve statüsünde değişmeler meydana getirildi.
1639′da Osmanlı ile İran arasındaki sınırı çizen Kasr-ı Şirin Anlaşması, Sultan IV. Murad ile Şah Safi arasında imzalandı. Bu anlaşma Kürdistan’ın iki ülke arasında bölünmesini ebedileştirdi. Osmanlılarla Kürtler arasında Yavuz Sultan Selim zamanında kurulmuş dostane ilişkiler, daha sonra bozulmaya başladı. Artık İranlıların gücünden çekinmeyen Osmanlı Devleti, Kürtlerin kaderlerini Osmanlılara bağlamalarını ve kendileriyle işbirliğine gitmelerini önemsemez oldu. 1650′den 1730′a kadar, Diyarbakır ile Van arasındaki Kürt beyliklerinin çoğu Osmanlılar tarafından ortadan kaldırılarak bu süreç 19. yüzyılın ortalarına kadar devam etti.